Τα νέα χριστιανικά κράτη που προέκυπταν από τον διαμελισμό της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας δεν μπορούσαν να εγγυηθούν στους Μουσουλμάνους ισονομία και ασφάλεια. Από το 1821, όσοι Μουσουλμάνοι γλίτωσαν από σφαγές έφυγαν από την επαναστατημένη Ελλάδα (ή αλλαξοπίστησαν). Μετά την ειρηνική προσάρτηση της Θεσσαλίας και της επαρχίας της Άρτας, πάλι έφυγαν οι Μουσουλμάνοι. Τέλος, οι Βαλκανικοί Πόλεμοι προκάλεσαν μία εντελώς ανεξέλεγκτη αλυσιδωτή αντίδραση. Πρώτα προσφυγικό κύμα Μουσουλμάνων από την Ελλάδα και τα Βαλκάνια προς την Τουρκία, ύστερα Ελλήνων από την Τουρκία προς την Ελλάδα, ύστερα ελληνική απόβαση στη Μικρά Ασία για την παλιννόστηση των προσφύγων και την προστασία των ελληνικών πληθυσμών.